Objeví-li se u vás příznaky encefalitidy během čtrnácti dnů od přisátí klíštěte, je vhodné navštívit svého obvodního lékaře. Ten se postará o odběr krve, jenž je vyšetřena na přítomnost protilátek. Klíšťová encefalitida jde odhalit i podle množství bílých krvinek. Na konci první fáze se vyznačuje jejich sníženou hodnotou, později dochází k jejich razantnějšímu nárůstu. Vyšetřením krve lze virus odhalit již v první fázi.
Při jeho odhalení následuje okamžitá hospitalizace, kdy jsou pacientovy nasazeny infuse. Jejich cílem je ztlumit bolesti a dodat organismu potřebné tekutiny, o něž přišel intenzivním zvracením. Následuje opětovný odběr krve, aby se potvrdilo zjištění praktického lékaře. Jelikož encefalitida napadá centrální nervový systém, je pro určení prognózy potřeba provést vyšetření mozkomíšního moku. Ten se odebírá za pomoci lumbální punkce. Pacient se obvykle posadí na židli nebo lehne na břicho a do oblasti bederní páteře je vpíchnuta jehla. Z mozkomíšního moku se určuje množství buněk, čím vyšší jejich hladina je, tím horší průběh lze očekávat.
Léčba přímo určená pro virus klíšťové encefalitidy neexistuje, skládá se spíše s podpůrné léčby, kdy jsou tlumeny sekundární projevy onemocnění. Při podávání infuzí je nezbytně nutný naprostý klid bez jakékoli fyzické i psychické námahy. V ideálním případě zůstává pacient hospitalizován dva až tři týdny a poté následuje rekonvalescence v domácím prostředí. Klidový režim je nutné dodržovat i poté, co se nemocnému relativně uleví. Pokud by okamžitě začal vyvíjet náročnější aktivitu, akorát by došlo k zhoršení stavu a zvýšilo by se riziko trvalých následků. U pacientů s těžším průběhem bývají krom vitamínů a minerálů nasazeny i interferony, které se primárně využívají k léčbě roztroušené sklerózy. Tímto pojmem jsou označeny glykoproteiny, které si vytvářejí některé buňky jako reakci na napadení virem.