Mezi rizikové oblasti se řadí zejména jižní Čechy, okolí Brna či povodí řek Vltavy, Sázavy a Berounky. Pohybujete-li se v oblastech, kde je zvýšený výskyt infikovaných klíšťat, rozhodně by jste v rámci prevence měli uvažovat o očkování. Nechat se naočkovat můžete kdykoliv během roku, jediný ohled, který by jste měli zohlednit je začátek sezóny klíšťové encefalitidy, což je počátek léta. Očkování začíná působit přibližně čtrnáct dnů po aplikaci druhé vakcíny. Na trhu je k dispozici několik očkovacích látek a vždy je nutné aplikovat tři až čtyři dávky. Cena jedné z nich se pohybuje přibližně někde mezi 400 až 500 Kč. Tuto cenu je však nutné brát s rezervou, neboť se jejich ceny neustále vyvíjejí.
I když je očkování nejefektivnější formou ochrany, nemusí být stoprocentně účinné proti všem druhům encefalitidy a rozhodně není na škodu při návštěvě lesa či jiného prostranství, jenž klíšťatům vyhovuje dodržovat základní zásady prevence. Na rozdíl od rozšířené představy, že klíšťata žijí na stromech je realita úplně jiná. Nejčastěji můžete na klíště narazit v travnatém porostu, což stanovuje nejpravděpodobnější místo, kudy se dostane na tělo. Bývá to škvíra mezi botami a kalhotami. Proto je vhodné ji minimalizovat pevnou obuví a dlouhými kalhotami. Vhodné je použití repelentu a co nejméně se pohybovat ve vysoké trávě. Pokud klíště nenajde rychle cestu ke kůži, tak se hostitelé pouští. To je způsobeno jeho náchylností k vysychání, a proto vyhledává vlhká místa a na nich se přisává. Pokud i přes všechnu snahu dojde k uchycení klíštěte, je potřeba ho co nejrychleji odstranit.