Virus potřebuje po vniknutí do těla přibližně 7 až 14 dní inkubační doby. Někdy to může být i o něco déle, ale povětšinou se po uplynutí čtrnácti dnů dostavuje první fáze onemocnění. Ta se celkem neškodně tváří jako lehčí chřipka. Pobolívá vás hlava, jste unavení, dostavuje se nevolnost, bolest svalů a kloubů. Tyto příznaky přetrvávají několik dnů, v nichž bílé krvinky úporně bojují s vetřelcem. Odolní jedinci tuto bitvu zpravidla vítězí a již se u nich neprojeví mnohem závažnější druhá fáze. Navíc si jejich organismus vytvoří potřebné protilátky proti klíšťové encefalitidě.
Druhá fáze zpravidla přichází po týdnu až dvou bezpříznakového období. Tato prodleva je způsobena oslabením viru po atace na imunitní systém. Snížené množství však zaznamenávají i bílé krvinky a již nemají dostatek sil zamezit proniknutí viru do center mozku a mozkových blan. U některých jedinců první fáze chybí úplně a dostavují se až silné bolesti hlavy, vysoké horečky, světloplachost, nevolnost a zvracení. Klíšťová encefalitida je také často doprovázena řadou potíží, jenž se projevují poruchou spánku, paměti, koncentrace, ztuhnutím svalů na šíji, třesem svalů a celkovou dezorientací. V období doznívání horeček může nastat i obrna horních končetin. Zasáhne-li virus tzv. spodní centra mozku, může dojít k úmrtí pacienta, jelikož tato část mozku odpovídá za základní životní funkce.
Přibližně u 10% pacientů se projeví tzv. postencefalitický syndrom, který může trvat několik týdnů, ale také doživotně. Ten se projevuje celou řadou příznaků, které doprovází druhou fázi onemocnění, tedy obrnou horních končetin, bolestmi hlavy, poruchou spánku, koncentrace, sníženou výkonností, výkyvy nálad a depresemi.